Археологические работы в Габоне почти не проводились. Однако в восточной части, в районе Франсвиля, найдены орудия человека эпохи палеолита, относящиеся к культуре тумба, распространенной в бассейне р. Конго. На территории Габона найдены также орудия позднего каменного века; некоторые из них обнаруживают сходство с неолитом Сахары.
Древнейшими обитателями Габона, вероятнее всего, были предки современных пигмеев — охотники и собиратели. На рубеже I и II тысячелетий н. э. сюда пришли первые группы бантуязычных земледельцев. Самая крупная известная миграция банту относится к первой половине XIX в., когда с северо-востока в Габон пришли фанги, составляющие сейчас самую многочисленную этническую группу населения.

Ко времени появления европейцев в конце XV в. большинство населения страны находилось еще на стадии родового строя и не имело государственности. Лишь прибрежные районы к югу от мыса Лопес (так называемый берег Лоанго) находились в составе государства Конго.
В 1485 г. на побережье Габона появились португальские мореплаватели. Высадившись близ устья реки, протекавшей в густых зарослях, они назвали эту реку Рио-ду-Габон — «река-хижина». Это название и закрепилось за всей страной. Несколько веков побережье подвергалось нашествиям европейских работорговцев. В 1839 г. французы навязали одному из вождей народа мпонгве договор об установлении французского протектората над большим районом побережья. Население страны оказало французским колонизаторам мужественное сопротивление. Только в 1879—1882 гг. французы смогли окончательно установить свою власть на всей территории Габона.

В 1903 г. Габон был официально объявлен французской колонией, а в 1910 г. включен в состав Французской Экваториальной Африки. На первом этапе колонизации страна эксплуатировалась при посредстве колониальных концессионных компаний, нещадно грабивших население, скупая у него за бесценок тропические товары и сбывая европейскую продукцию низкого качества. Кое-где была введена система принудительного возделывания экспортных культур с обязательной продажей их колониальным торговым компаниям. Иностранный капитал начал хищническую разработку огромных массивов тропического леса; началось строительство лесопильных и фанерных заводов. Жестокая эксплуатация коренного населения обрекала его на нищету. В конце XIX и в начале XX в. в стране вспыхивали многочисленные восстания, которые жестоко подавлялись колониальной администрацией.

После второй мировой войны в освободительном движении наступил перелом. Возникли первые профсоюзы и политические партии — Габонский демократический блок (ГДБ), Габонский демократический и социальный союз (ГДСС) и др. Вновь созданные национальные организации возглавили антиколониальную борьбу.

С августа 1960 независимая республика. Первый президент Леон Мба провозгласил создание однопартийного государства во главе с Габонской демократической партией (ГДП). Социальное и политическое напряжение, вызванное спадом в экономике в нач. 1980-х гг., привело к возникновению оппозиции — Движения за национальное возрождение (МОРЕНА), сформировавшего в Париже правительство в изгнании. В 1990 в Габоне была разрешена многопартийность. На местных выборах 1996 ГДП добилась контроля в большинстве муниципалитетов и одержала победу на выборах в Национальную ассамблею и сенат. ГПП отказалась от участия в правительстве.

В 1997 Конгресс депутатов и сенаторов принял поправки к Конституции, увеличивающие срок президентства до 7 лет, утвердил пост вице-президента, а сенат был провозглашён высшей палатой двухпалатного парламента. Президентские выборы состоялись в 1998, новый совет министров утверждён в 1999.

В 1999—2001 в Габоне проходили массовые студенческие демонстрации, забастовки госслужащих. В 2001 на выборах в Национальную ассамблею одержала победу ГДП.